核酸降解与污染,是高通量组织细胞核酸提取中最常见的两类质量事故。RNA降解会让表达分析失真,DNA污染会让检测结果无法解释。掌握预防要点,比事后补救更重要。本文梳理降解与污染的常见来源,并给出可落地的预防措施。
一、RNA降解的元凶与对策
RNA酶(RNase)广泛存在于环境、皮肤与唾液等来源,是RNA降解的主要原因。对策包括:使用无核酸酶或经处理的一次性耗材;操作时佩戴手套并减少讲话;样本尽量低温、快速处理;选择含有RNase抑制成分的裂解体系,让核酸在裂解阶段即受到保护。此外,用于RNA实验的台面建议定期用去RNA酶试剂处理,设备与耗材也应与DNA实验适当区分。
二、DNA污染的来源与防控
DNA污染主要来自三个方面:样本间的交叉污染、试剂与耗材引入的污染、操作环境中的气溶胶污染。防控手段包括:使用带滤芯的移液吸头;不同样本分区操作,避免同批加样时溅出;设置阴性对照监测污染;RNA提取时,必要时按试剂盒说明进行DNase处理,去除残留基因组DNA。对于多重样本并行的高通量场景,建议每板设置两个以上阴性对照,分散在板的不同位置。
三、组织样本的特有风险
组织样本若反复冻融,核酸损伤会明显加剧;研磨过程产热也可能造成降解。建议将样本分装保存、避免重复冻融,研磨时采用液氮或预冷模块控制温度。对于需要长期保存的组织,分装后-80摄氏度保存,避免样本反复取出。微信号:19115957237
无创采样与样本前处理
四、质检与验证
提取完成后应及时质检:紫外吸收比值判断纯度,电泳观察降解情况,RNA结合完整性指标评估。出现异常时,先排查操作环节,再考虑试剂因素。如果条件允许,可对关键样本复核荧光定量结果,进一步确认产物可用性。
五、操作规范清单
可以归纳为六条:样本尽快处理、耗材无核酸酶、滤芯吸头防污染、低温操作控降解、阴性对照证洁净、质检记录留痕迹。把这些习惯固化到日常操作中,能显著降低质量事故。清单不必一次到位,可逐项落实,并在团队内形成共同的操作约定。
六、从源头到终点的质控意识
质控应该贯穿实验全程,而不只是提取结束后的一个环节。样本接收时记录状态与保存条件;提取过程中同步运行阳性与阴性对照;产物完成后及时质检并留存数据。一旦后续下游实验出现异常,这些记录可以帮助快速定位问题环节。对高通量平台而言,质控数据还可以用来监测批次间趋势,提前发现仪器漂移或试剂变化。
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RNA降解与DNA污染,大多可以通过规范操作加以预防。高通量组织细胞核酸提取的稳定性,本质上来自每一个环节的把控,建议实验室建立并执行标准操作规范。
橙鱼传媒